Al rilascio ricevi il certificato e i certificati intermedi della Certification Authority. Vanno installati tutti e due, insieme alla chiave privata generata con il CSR.
Senza gli intermedi giusti molti browser funzionano lo stesso, ma altri client (app, integrazioni, strumenti da riga di comando) rifiutano la connessione. È l'errore più comune.
Verificare l'installazione
openssl s_client -connect www.tuodominio.it:443 \
-servername www.tuodominio.it -showcerts
Il primo certificato mostrato deve essere il tuo; il secondo deve essere l'intermedio che l'ha emesso (il suo subject coincide con l'issuer del primo).
Per nginx e Apache trovi la configurazione in Installare su nginx e Apache; se il tuo server vuole un altro formato, vedi i formati dei certificati; per Windows, certificati su IIS. Per gli altri server fai riferimento alla loro documentazione, oppure chiedici aiuto. Se qualche client rifiuta la connessione, leggi certificati intermedi e catena.